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このプロジェクトはサムライDNAです。
分子生物学者は、日本人のY染色体ハプログループの中で最も繁栄した枝がD-CTS8093（D1a2a1a2b1a1a）であることを解き明かした。分子生物学における研究の過程で、日本には王朝交替がなかったこと、あるいはあったとしても同じD系統内での継承が行われたことが示唆された。
日本の支配者層が太古の系統に属し、男系男子によって連綿と継承されてきたことは、実に驚くべきことである。このようなことは、世界的に見ても先進国の中では日本以外に類例がない。そのため日本の首相・安倍晋三はこの系統の維持存続に努め国民の支持をあつめた。
日本の雑誌『週刊文春』2025年1月2日号、1月9日号、および4月3日号では、安倍晋三首相（当時現職）が、杉田和博官房副長官（当時）に対し「愛子内親王殿下の結婚相手に相応しい、Y染色体を持つ旧皇族の青年を探すよう」と極秘で指示を出していたことを報じた。
この「相応しいY染色体」とは、皇統の男系男子に由来するD-CTS8093の系統（Emperor modal）の中で、現代の皇室に最も近いSNP（一塩基多型）を有する系統である伏見宮系皇族、東山天皇の男系子孫等のことを示している（※誌面ではこれに該当する人物の実名も記載されている）。
これは系図上では「実子」と記載されていても、実際には「養子」である場合などの例がないかを精査し、現皇室と最も近似したSNPを有する男性の中から、人格的にも素晴らしい人物を選べという指示であり、日本の歴史の中で、かつて継体天皇の時に当時の人々が行ったことを手本としたものである。しかし、安倍首相はこれらの考え方に反対するテロリストたちによって、2022年7月8日、奈良県の大和西大寺駅前で政治演説中に背後から銃撃を受けて暗殺された。（※実行犯とされる人物の1人が逮捕され、上記と異なる犯行動機を供述したが、国民の多くはこれに納得をしていない）
CTS8093に特徴づけられるこの変異を持つ男性は日本列島に夥しい子孫を残し、現在の日本人男性の約37%に及ぶ。この枝は古代に形成されたもので、これが途絶えることなく、今なお優勢を誇っていることは、この男性群が支配者層として幾多の世代に渡って日本列島に君臨し続けたことを示唆している。さらにこの枝が、日本全国で均一に最も多い人口であることはこの人物たちの統治が、穏便で安定的に日本列島各地まで広がったであろうことを示している。
日本における古代の支配者を示す痕跡は、日本列島の古墳及びその副葬品からも知ることが出来る。さらに朝鮮半島の南部には、日本人がこれらの地域を支配していた痕跡として、前方後円墳が数多く残されている。実証性を重んじる日本史学界・古代史研究者らは韓国釜山の加徳島から得られた人骨に注目した。獐項遺跡から出土した約6,300年前の男性人骨（Changhang 8）は、D-CTS10441（ハプログループD1a2a1）のY染色体SNPを有していた。2019年6月、篠田謙一、神澤秀明、角田恒雄、安達登らは『韓国加徳島獐項遺跡出土人骨のDNA分析』の中でこれを報告している。
CTS8093に先行する変異の痕跡を持つ系統としては、「D-Z1500（紀元前50年）」があり、遺伝学者らは「Jinmu’s snp」と名付けた。次いで「Z1500」から「Z1504」に変異した系統があり、この変異の起きた時代は西暦紀元50年と推定される。さらに「Z1504」から「CTS8093」に変異した。「CTS8093」の変異の起きた時代は西暦紀元200年と推定され、これらを包括して「Hatsukinishirasu-Sumeramikoto（初期の天皇）」の系統と呼ぶ。また「CTS8093」から「CTS4093」に変異した系統はの多くは「清和源氏」であるとの伝承を有しており、これらは歴史的記録と一致して傍証となり得るものである。
遺伝学者らは「CTS4093」に変異した時代を、分子時計によって西暦紀元600年と算定した。清和源氏の祖・清和天皇の生歿は（850 - 881）であるため、「CTS4093」の変異を起こした男性は、彼より遡る時代の人物であった可能性が高い。
一方で、日本の考古学者らは『日本書紀』に記す、上古の天皇の在位年および生歿年を懐疑的にみており、彼らは実際の神武天皇の即位年を西暦紀元元年の辛卯年と考えているが、これは分子生物学の推算と一致している。さらにこの年代は古墳編年学の推算年代とも一致している。
この西暦200年以降に生成された変異、D-CTS8093は沖縄県においても観察されるSNPであることから、（伝承どおり鎭西八郎爲朝が琉球国の初代・舜天王でなかったにせよ）琉球国王の父系祖先が日本の皇室に由来することは明らかであろう。
Y染色体の変異の痕跡を示す一塩基多型（SNPs）の中で、「CTS8093」をはじめて発見したのは、英国ヒンクストンのウェルカム・トラストサンガー研究所の分子遺伝学研究チームを率いるクリス・テイラースミス（Chris Tyler-Smith）であった。それゆえにこの変異には彼の名の頭文字が冠されている。また「Z」を冠するSNPは、レイモンド・H・バンクスら複数名の遺伝学者によるもので、神武天皇に由来する一塩基多型もこれらの複数名の学者によって発見されたものである。
これに先行する研究としては、2008年10月、中国の復旦大学がM174の変異を持つ人々に注目し、チベット人と日本人の起源ついて論じている。
日本の皇室のDNAについて、初めて実証的に述べたのはカラー・レッド（Color Red）であった。彼は日本人男性のY染色体の一塩基多型（SNPs）および縦列反復数（STRs）の解析により、日本の支配層のハプロタイプは（D-CTS8093）に属する系統であると結論づけた。同様に日本列島でこのD系統に次ぐ繁栄を見せたO-CTS10145の変異を持つ集団について、彼は次のように述べた。「このO系統はD系統ほどではないにせよ、同時期に繁栄の枝を残している。これはO系統がD系統を補佐したグループであったと考えられる」と。研究チームはサンプル採取と解析の結果、CTS8093の下流に属する系統が、現在の日本人男性の37％にのぼることを突き止めた。
このCTS8093は、出アフリカを果たした直後の系統ハプログループDに属している。D系統はチベットやアンダマン諸島、フィリピンで見られるタイプで、その下流にあたるD1a2は日本列島以外では検出されていない。遺伝学の研究者らは、この特有のY染色体の拡散の原因を作った男性は、日本を統治した人物であろうと結論づけた。韓国の研究者が2012年に出したChojae論文やJekshもこの結果を支持した。
これらの研究の結果、日本列島で長期間にわたって特定のY染色体を持つ人々が広がった理由として、この島嶼地域において上流階級は一夫多妻が一般的であり、その頂点に君臨する支配者は、神話を根拠として古い時代に統治機構を完成させ、代々男系男子の子孫であることを絶対条件としてその地位を継承してきたことを示唆している。日本の支配層は、一族の増加に伴い、一族を上位・中位・下位支配階級の役人として日本列島各地に派遣し、やがて庶民階級にまでこの遺伝子が拡散したと考えられる。日本列島は、外敵の侵入を防ぐのに都合の良い環境であった。歴史時代にはモンゴルの襲来を防ぐなど、歴史的にも他の民族に支配された経験がない。 あらゆる面で、古代の系統を温存するのに優れた環境であったのであろうと遺伝学の研究者らは一様に述べている。
https://web.archive.org/web/20140416022610/http://cjapan.net/en/content/imperial-family-descended-jomonainu-japan.html
Y染色体（男系）とミトコンドリアDNA（女系）を比較した場合、過去の歴史において、どの民族が優位に立っていたか知ることができる。
日本民族の場合は、男系では常に縄文系を示すこのD-M55（ハプログループD1a2a）系統が、あらゆる時代において優位に立ってきた。反対に女系の先祖を辿るミトコンドリアDNAのは弥生系統に多いD4bの系統が大半を占めている。
鳥取県の青谷上寺地遺跡（あおやかみじちいせき）から大量に出土した100体近くの古代人骨は、頭蓋骨に脳の組織が残るほど保存状態の良いものが含まれていた。出土地の沼地が酸素を遮断し腐敗を防いだため、腐りやすい組織である脳が奇跡的に古代から現代まで保存される結果となった。
これらの古代人骨は、骨格の測定から当初は弥生人骨と考えられていたが、2019年、篠田謙一（Shinoda Kenichi）らのグループが、Y染色体を解析した結果、75%の人骨はD-M55(ハプログループD1a2a）を持つ縄文系に由来する人々であることが明らかとなった。このように、発掘調査から得られたDNA解析でも、日本列島におけるD系統の優勢が裏付けられている。産経新聞『鳥取の出土人骨をDNA解析』（2019.4.5）
https://web.archive.org/web/20190524050810/https://www.sankei.com/premium/news/190405/prm1904050001-n3.html
References
2.『実年天皇系譜』
3.『古墳編年表』